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Studi sul Coronavirus: arriva ViruSurf, il nuovo motore di ricerca che svela come cambia il virus

Per capire come sta cambiando il genoma del nuovo coronavirus arriva ViruSurf, il nuovo motore di ricerca sviluppato al Politecnico di Milano per ‘surfare’ agilmente tra le principali banche dati mondiali (GenBank, COG-UK e GISAID) che contengono le sequenze genetiche di SarsCoV2. ViruSurf ha un database centralizzato, collocato al Politecnico e periodicamente aggiornato, che al momento contiene oltre 200.000 sequenze di SarsCoV2, il virus responsabile della pandemia, e più di 33.000 sequenze di altri virus associati ad epidemie di interesse per l’uomo come Sars, Mers, Ebola e Dengue.

Ogni sequenza è descritta secondo quattro prospettive: le caratteristiche del virus e dell’organismo ospite, la tecnologia usata, il progetto di sequenziamento e le mutazioni che si trovano nei diversi geni. Il vantaggio di ViruSurf è di includere un algoritmo che calcola le mutazioni virali in maniera omogenea, ovvero indipendente dalla loro provenienza, gestito su cloud per ridurre i tempi di esecuzione. Il database è ottimizzato per offrire risposte istantanee agli utilizzatori del motore di ricerca. Il sistema, presentato sulla rivista Nucleic Acids Research, “è di semplice utilizzo: chiunque può collegarsi e capire, ad esempio, quando una mutazione virale è apparsa per la prima volta e come si è diffusa nel mondo”, afferma Stefano Ceri, leader del progetto.

Tra gli sviluppi futuri di ViruSurf quello più importante, finanziato da EIT Digital, è un servizio informatico per elaborare nuove sequenze virali identificando le mutazioni associate a maggiore o minore severità e virulenza: impiegato in campo medico in fasi meno acute della pandemia, permetterà di arricchire la cartella clinica del paziente con la sequenza del virus che lo ha infettato. Sarà inoltre possibile usare ViruSurf per monitorare i virus nella gestione di allevamenti e coltivazioni. A breve il sistema consentirà di tracciare le mutazioni del virus diffuse in alcune regioni del Pianeta che potrebbero pregiudicare l’efficacia del vaccino.